Когда Дезмонда Майлза отзывают по важному делу, в игру вступает опытный оперативник Джонатан Хоук. Именно ему предстоит найти предателя в рядах Братства, но главное — обнаружить местонахождение могущественного артефакта, известного как Скипетр Асет. Для этого Хоук должен окунуться в прошлое своего предка, опытного ассасина Эль-Какра, жившего в Египте XIV века.
Тем временем в подземельях «Абстерго» тамплиеры собираются ввести в игру свой очередной козырь, способный существенно изменить баланс сил. Но что, если далеко не все члены Ордена способны играть такими картами?