Данный проект флага был утверждён Геральдическим советом при Президенте Российской Федерации и внесён в Государственный геральдический регистр Российской Федерации с присвоением регистрационного номера 3200, но решением Совета муниципального района Балтачевский район Республики Башкортостан от 17 июля 2006 года 10/115 было утверждено описание другого проекта флага:«Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2: 3, разделённое по горизонтали на равные полосы синего и красного цвета, несущее в центре изображение фигуры из герба района: чашу с семью колосьями жёлтого цвета.»