Элементы герба города Южно-Сахалинска располагаются в центре флага и вписываются в прямоугольник со сторонами, составляющими: шириной 1/3 ширины флага и высотой 11/20 высоты флага. Расстояние от верха кромки флага до элементов герба составляет 3/20 высоты флага.