Черепашки отдыхают под жарким солнцем на пляже в Майами и смотрят новости по телевизору, но вдруг трансляция прерывается и вместо Эйприл О’Нил на экране появляется Шреддер и берёт Эйприл в заложники. Шреддер вместе с Крэнгом заняли остров Манхеттен и подняли весь остров в воздух. Черепашкам нужно сразиться с Шреддером и его компаньоном Крэнгом, безопасно опустить остров на землю и, конечно же, освободить Эйприл.По сравнению с первой частью гейплей претерпел некоторые изменения. У черепашек появилась возможность наносить суперудар одновременным нажатием кнопок А и В, но с каждым суперударом убывает одна палочка из полоски жизни. Также стало возможно поддевать противника на оружие и перекидывать через себя, нажатием кнопок вниз+
В. Уровни стали гораздо разнообразнее и дольше. После прохождения каждого уровня придётся сразиться с боссом. В некоторых уровня 2 босса, так что не стоит тратить жизни зря. игра может быть на английском языке