Действие Dying Light 2 Stay Human происходит через 21 год после вспышки зомби-вируса в Харране. В 2015 году учёные мира, объединив усилия, нашли лекарство от харранского вируса. Когда заболевание было обуздано, ВГМ втайне от всех продолжила исследовать вирус для военных целей. Как итог - в 2021 году боевой штамм харранского вируса вырывается на свободу, очень быстро положив конец человеческой цивилизации.В 2036 году главный герой, пилигрим Эйден Колдуэлл, отправляется в путешествие в город Вилледор, последний стоящий город на Земле, на поиски своей потерянной сестры Мии. Игра начинается с того, как Эйден выбегает из туннеля на окраину Вилледора, где его встречает ставший пилигримом постаревший Спайк — давний друг Эйдена, а до того - Кайла Крейна. Спайк рассказывает о том, что ему удалось связаться с человеком, который знает Вальца — человека, который разлучил Эйдена с Мией. Вальц проводил эксперименты над детьми до того момента, пока на лабораторию ВГМ не напали. С того момента Эйден и пытается найти Мию. Эйден добирается до убежища, связывается с информатором и проникает в тоннели, через которые можно попасть в Вилледор. В тоннелях Эйдена кусает прыгун, но его спасает информатор. Пока Эйден был без сознания, на информатора напали ренегаты. Придя в себя, Эйден спасает информатора. Тот отдаёт ему ключ ВГМ, за которым охотятся ренегаты во главе с Вальцем. С помощью ключа можно открывать двери, которые ранее были закрыты. Информатор просит найти некую Лоан, которая может помочь. Эйден лезет в вентиляцию, которую закрывает информатор, после чего его убивают ренегаты. Вирус начинает проявлять себя и ренегаты замечают Эйдена. Ему удаётся уйти, он попадает на Базар. Здесь его чуть не убивают за отсутствие биомаркера — устройства, показывающего прогрессирование зомби инфекции. Его спасает Хакон, бывший Ночной Бегун, который рассказывает о том, что в Вилледоре все заражены и носят биомаркеры. Он поручает Эйдену забрать биомаркер из больницы. В больнице Эйден видит воспоминания, где он и его сестра Мия находились в похожей больнице ВГМ, где над ними ставили эксперименты учёные, одним из которых был Вальц. Достав биомаркер, Эйден с Хаконом решают отправиться в Сентрал-Луп, центр Вилледора. Однако им это не удаётся. Метро, которое соединяет Старый Вилледор и Новый, а также является единственной возможностью перемещаться между двумя частями города, ведь между ними разлиты химикаты, которые смертельно опасны, закрыто. Его контролируют Миротворцы, одна из фракций города. У Миротворцев убивают их лидера — Лукаса. Те, чтобы найти убийцу, закрывают проход в тоннели метро. Айтор, новый лидер Миротворцев в Старом Вилледоре, отправляет Эйдена на поиски убийцы. Эйден направляется на Базар — убежище выживших, которым руководит Карл. Эйден, чтобы втереться в доверие к «базарным», начинает работать на Софи. Работая на Выживших, одну из фракций, Эйден узнаёт, что Миротворцы ущемляют выживших, забирая их припасы. Позже у Выживших появляются проблемы. Их водонапорную башню захватывают бандиты и берут в плен Карла. Герой спасает Карла. За Эйденом остаётся выбор: помочь Выжившим в борьбе с Миротворцами или найти убийцу Лукаса среди Выживших.