Сакамото Рёма сразу после возвращения в родные края вступает в открытую конфронтацию с местными самураями, из-за чего попадает под стражу, откуда его вызволяет приемный отец. Наставник и по совместительству приемный отец Рёма – Йошидо Тойо - является лидером партии лоялистов. В его планах захватить замок Коти, чтобы наконец-то свергнуть сёгуна. Во время подготовки восстания неизвестный убивает Йошидо, а главным подозреваемым становится его сын. Ронин из Тосы вынужден покинуть провинцию, но намерен отомстить за отца. Ему известно только то, что убийца владеет древним боевым искусством Тэннэн Рисин-рю, которое популярно среди членов отряда Синсэнгуми.
Особенности игры: Новая история, старые герои. Для игры были взяты персонажи из предыдущих частей Yakuza, однако в этой истории они обзавелись новыми интересными ролями.
Динамичные сражения на мечах и не только. Примите участие в боях, где вы сможете использовать как огнестрельное оружие, так и мечи. Всего в игре четыре боевых стиля: Swordsman («Мечник»), Gunman («Стрелок»), Wild Dancer («Дикий танцор») и Brawler («Скандалист»). С помощью стиля «Мечник» герой сможет не только наносить огромный урон катаной, но и разрушать ей защиту врагов. «Стрелок» соответственно, атакует с помощью пистолета. «Дикий танцор» совмещает в себе стиль боя «Мечника» и «Стрелка». Для вас также доступен классический стиль боя — на кулаках.
Ваша сила в вашем отряде. Назначайте в свой отряд боевых товарищей из Синсэнгуми, чтобы получить их уникальные навыки. К примеру, Сакамото может достаться такая способность, как пассивная регенерация здоровья.