Джейкоб проходит крайне болезненную процедуру вживления чипа МОР (англ. CORE Device), обеспечивающего контроль за здоровьем носителя и даже обмен данными. Вскоре герой приходит в себя в тюремной камере посреди бунта, устроенного заключёнными, заражёнными какой-то болезнью. Он встречает Элиаса Портера (Зек Элтон) — заключённого, отбывающего продолжительный срок — который предлагает план побега: Элиас может найти и освободить хакера, который сможет вызвать с орбиты корабль; Джейкоб же, являясь единственным известным Элиасу пилотом, поможет покинуть планету всем троим соучастникам. Проблема лишь в том, что этот хакер находится в карцере, куда довольно непросто попасть, однако Джейкоб справляется с задачей. Хакером на деле оказывается Дэни Накамура. Она отказывается участвовать в плане и решает спасаться в одиночку. Джейкоб и Элиас всё же решают отправиться в ангар «Чёрной жести» в надежде обнаружить там корабль. На полпути их настигает Леон Феррис, и беглецы оказываются на поверхности. По сигнальному маячку Джейкоб находит Элиаса, но тот из-за поврежденного скафандра погибает от удушья. На сигнал маячка прибывает Дэни; она забирает данные, собранные Элиасом по «Чёрной жести» и на этот раз соглашается объединиться с Джейкобом, так как инфицированные люди стали превращаться в «биофагов» — чрезвычайно опасных мутантов. Вместо ангара Дэни решает вернуться к обломкам грузового корабля, надеясь найти в них следы биологического оружия, перевозившегося с Европы на Каллисто. К её разочарованию, на деле грузом оказалось обычное медицинское оборудование. Они направляются в ангар, где Дэни вызывает с орбиты корабль. Внезапно вмешивается директор тюрьмы Дункан Коул, который сбивает корабль: никто не должен покинуть колонию.