Семь лет спустя, Кастильо вводит «лотерею», по которой случайным образом выбираются рабочие для принудительного труда на плантациях. Когда Fuerzas Nacionales de Defensa (FND), вооруженные силы страны, начинают рейды в столице страны Эсперансе, трое друзей (Дани Рохас, Лита Торрес и Алехо Руис) пытаются сбежать и начать новую жизнь в США. Алехо убивают, а Дани и Лита попадают на рыбацкое судно с другими беженцами, направляющееся в Майами. Однако судно перехватывает сам Антон, поскольку на нём находится его сын Диего, также попытавшийся сбежать от отца. Антон приказывает потопить корабль. Дани и Лита остаются в живых, но Лита позже умирает от полученных ранений. Перед этим она просит Дани разыскать повстанческую группу Libertad, которую возглавляет Клара Гарсия.
После того, как Дани помогает Кларе и оружейному мастеру Хуану Кортесу, он(а) решает примкнуть к повстанцам. Дани поручают склонить на сторону Libertad повстанцев в трёх регионах страны: в Мадругаде — семья Монтеро, имеющая влияние среди рабочих на плантациях. Они сражаются против генерала Хосе Кастильо, племянника диктатора с садистскими наклонностями, командующего военно-воздушными силами.в Валье-де-Оро — Máximas Matanzas, которые противостоят министру культуры Марии Маркессе (она же является матерью Диего), а также доктору Эдгару Рейесу, который и создал Вивиро.в Эль-Эсте — Легенды 67-го (группа старых революционеров, которые участвовали ещё в свержении отца Антона) и La Moral (студенты-анархисты). Их враги — адмирал Ана Бенитес, командующая флотом, и Шон Мак
Кей, канадский бизнесмен, который импортирует химикаты для режима Кастильо.По мере прохождения игры Дани ещё дважды встречается с Диего: во время неудавшегося покушения на Антона в ходе его обращения к народу, и когда Дани похищает и пытает генерал Рауль Санчес, правая рука Кастильо. Они проникаются симпатией друг к другу, и Диего даже спасает Дани жизнь, убивая Санчеса и убеждая отца отпустить Дани.
После объединения всех анти-кастильских сил под эгидой Либертад Дани узнаёт, что Кастильо схватил Клару под предлогом мирных переговоров и удерживает её в заложниках на своей вилле. Когда Дани пробирается туда, Антон признаётся, что страдает от лейкемии уже 13 лет, а Вивиро перестал помогать полгода назад. Будучи впечатлён талантами Дани и желая, чтобы у Диего был наставник после его смерти, Кастильо требует, чтобы Дани стал(а) его генералом в обмен на жизнь Клары. Хуан, который в это время прикрывает Дани со снайперской винтовкой, не может прицелиться в Антона и решает выстрелить в Диего, но Дани спасает его от пули. В ответ Кастильо убивает Клару, в результате чего неформальное лидерство в Либертад переходит к Дани. Отец и сын Кастильо возвращаются в Эсперансу, которая теперь окружена объединенными силами повстанцев.
Происходит штурм столицы, Дани проникает в президентский дворец и врывается в кабинет Антона. Диего не хочет, чтобы он(а) убивал(а) его отца. Дани обещает защитить Диего, но Кастильо убежден, что сына будут пытать, так же как это делали с ним самим после предыдущей революции. Он стреляет в него, а потом совершает самоубийство. Перед смертью Диего утешает Дани, и его последние слова «Тебе повезло» отсылают к смерти Литы, которая использовала эту же фразу. Силы сопротивления единогласно провозглашают Дани новым лидером Яры, но Дани отказывается от власти. Похоронив Клару, они с Хуаном продолжают войну против оставшихся лоялистов Кастильо.В сцене после титров Хуан сбывает оставшийся Вивиро контрабандисту, который говорит, что убийство Антоном собственного сына — бессмысленный акт безумия.