После революции 1917 года активно выступал против большевиков, был комиссаром Временного правительства на Юго-Западном фронте. С началом Гражданской войны поддержал создателей Добровольческой армии, пытался организовать покушения на Ленина и Троцкого. Арестован ВЧК в 1924 году, приговорен к расстрелу, который был заменен десятью годами заключения.
7 мая 1925 года в тюрьме на Лубянке покончил жизнь самоубийством. Согласно официальной версии Борис Савинков выбросился из окна пятого этажа.