Органные дни в церкви Св. Якоба» и организатором серии концертов «
30 минут органной музыки по пятницам (прошли более 1800 раз). Как органист выступал в Австрии, Хорватии, Дании, Франции (Сент-Этье́н-дю-Мон, Сен-Сюльпис), Великобритании, Латвии (Кафедральный собор Риги), Нидерландах, Польше, Португалии, Словении, Южной Африке и Чехии. В России давал концерты в Архангельске, Ярославле, Кирове и Санкт-Петербурге и других городах. Принимал участие в различных фестивалях Германии (Frauenkirche и Kreuzkirche в Дрездене). В 2005 году Штефан Кордес исполнил все органные сочинения Баха в серии из 25 концертов в церкви Св. Якоба в Гёттингене. Также помимо всех органных сочинений Алена, К.Ф.Э. Баха, Брамса, Брунса, Куперена, Дюрюфле, Франка, де Гриньи, Гийена, Мендельсона, Муффата и Шумана он исполнил все органные сочинения Мессиана к столетию композитора. В 2001 году Кордес записал «
Картинки с выставки» и «
Песни и пляски смерти» Мусоргского на CD в переложении для струнного оркестра и органа. В 2007 году записал первый CD на реконструированном органе Отта-Штидта в церкви Св. Якоба в Гёттингене с произведениями Баха, Букстехуде, Дюрюфле, Линдберга, Муффата и Пьерне. В 2011 году был записан диск «
Очарование органной музыки И.С. Баха», а в 2012 году – «
Очарование французской органной музыки». Штефан Кордес дирижировал ораториями таких композиторов, как Бах, Бетховен (Девятая симфония, Хоральная фантазия), Бернстайн (Чичестерские псалмы), Блахер («
Великий инквизитор»), Буланже (Псалмы 24, 129, 130), Брамс (Реквием), Бриттен (Военный реквием), Брукнер (Te deum), Дюрюфле (Реквием), Дворжак (Stabat mater, Requiem, Te deum), Эбен (Jacobus, первое исполнение), Джеремайя (Опера в концертном исполнении), Элгар («
Сновидение Геронтиуса»), Эйблер (Рождественская оратория), Форе (Реквием), Франк («
Заповеди блаженства»), Гендель («
Израиль в Египте», «
Вечерни кармелиток», «
Праздник Александра», «
Страсти по Брокесу»), Гайдна, Онеггера («
Царь Давид»), Мауерсбергер (Дрезденский реквием), Мендельсон («
Илия», псалмы), Мессиан («
3 маленькие литургии»), Монтеверди («
Вечерня Девы Марии») и многими другими. В качестве дирижёра выступал с симфоническими оркестрами, исполняя произведения Бетховена (Симфония № 2 и № 5), Бородина («
Половецкие пляски»), Брамса («
Трагическая увертюра»), Брукнера («
Романическая» симфония), Дюрюфле, Дворжака (Симфония № 9 «
Из Нового Света»), Гильмана (Симфония №1), Малера («
Песнь об умерших детях»), Мессиана («
Забытые приношения»), Рахманинова («
Симфонические танцы»), Шостаковича (Концерт для фортепиано с оркестром № 1), Шуберта (Симфония № 8 «
Неоконченная»). Штефан Кордес выступает как органист, пианист и исполнитель в составе камерного ансамбля, а также в качестве концертмейстера на вокальных