Шао Цзюнь, последний ассасин Китайского братства, возвращается на родину, чтобы отомстить за убийство своих собратьев. После событий в горах Майцзишань и порте Макао она продолжает преследовать оставшихся приближённых императора из «Восьми тигров», чтобы вернуть похищенное сокровище, переданное ей великим наставником Эцио Аудиторе. События, которые разворачиваются перед вами, — память предков, сохранившаяся в генах девушки Лизы из Японии, которая теперь ведёт собственную борьбу с Орденом тамплиеров в настоящем времени.