Аквапорин-3 играет незаменимую роль в формировании пор в мембранах клеток. В отличие от других аквапоринов, способных только к избирательной фильтрации воды от ионов и других растворимых соединений, аквапорин-3 является ещё и основным каналом для транспортировки глицерина в каждую клетку, что важно для увлажнения кожи на клеточном уровне.