Мускатный орех изумительно сочетается с тыквой, капустой, морковью, помидорами, картофелем, луком-пореем и шпинатом, с печеными фруктами и ягодным пюре, его часто используют для консервирования грибов и овощей. В итальянской кухне большой популярностью пользуется паста с болонским соусом или соусом бешамель, в состав которых входит мускатный орех, а в Средней Азии мускатным орехом, смешанным с сахаром, посыпают дольки нарезанных фруктов. Эту специю также добавляют в глинтвейн, кофе, молоко, взбитые сливки, шоколадные напитки и мороженое.
Добавлять мускатный орех в блюдо следует в конце варки, иначе оно приобретает горьковатый оттенок. Если он используется для выпечки, то рекомендуется вводить его в тесто в процессе замеса. Натертый свежий мускатный орех используют сразу же, поскольку он очень быстро теряет свой неповторимый аромат.