Зубровка душистая используется в ликёро-водочной промышленности для приготовления ароматических настоек («зубровка» и другие) и в кондитерском производстве для получения пищевых эссенций, как пряно-вкусовая приправа к пряной и маринованной сельди. Растение добавляют в соленья, отдушивают им курительный и нюхательный табак, безалкогольные напитки. В народной медицине водный настой и настойку травы на водке применяют для возбуждения аппетита и улучшения пищеварения при хронических заболеваниях желудочно-кишечного тракта, лихорадке, используют также как антисептическое и противотуберкулёзное средство.