Иван получил корону после смерти старшего брата, царя Фёдора III Алексеевича, считаясь соправителем единокровного брата Петра I, но фактической правительницей в 1682 — 1689 годах была его сестра Софья Алексеевна. После отстранения Петром I Софьи от власти Иван до самой смерти продолжал считаться формальным соправителем брата.
Иван был отцом императрицы Анны Иоанновны, дедом Анны Леопольдовны, правительницы при своём сыне Иване VI Антоновиче.