Молодые листочки собирают в течение всего лета, для лекарственных целей верхнюю часть стеблей срезают перед цветением в июле-августе и сушат их в тени подвешивая в пучках или расстелив тонким слоем. В сушилках можно сушить при температуре до 40°C. Высохшая трава пахнет не так сильно, как свежая. Хранят ее в прохладном и проветриваемом помещении. Для получения Эфирного масла иссоп собирают в пору массового цветения на второй год жизни.