Эта история создана по мотивам «Русалочки» Андерсена, только происходит она в современной Японии. Маленькая любопытная рыбка, дочь колдуна и прекрасной морской богини, уплывает из дома, чтобы понаблюдать за жизнью людей. Она застревает в банке и оказывается выброшенной на берег. Ее подбирает пятилетний мальчик Соскэ. Малыши привязываются друг к другу. И теперь у Поньо только одно желание — стать человеком!
Вот что пишет о фильме сам режиссер: «Это история о маленькой рыбке Поньо, которая борется за свою мечту жить рядом с мальчиком по имени Соскэ. Также это история о том, как пятилетний Соскэ справляется с непростым обещанием сдержать свое слово»…