После окончания университета Церетели работала редактором отдела анализа и обобщения информации по проблемам культуры и искусства в Государственной библиотеке имени В. И. Ленина. С 1985 по 1987 год была сотрудником Тбилисского художественно-производственного комбината художественного фонда Грузинской ССР. С 1988 по 1994 год занимала должность заведующего отделом Союза дизайнеров Грузии.
В 2007 году стала действительным членом, а также членом Президиума Российской академии художеств. С 2008 года Елена Церетели занимает должность директора Галереи искусств Зураба Церетели. Художник, график, автор книг и статей о Российской академии художеств, Научно-исследовательском музее Современного искусства, творчестве 3. К. Церетели.